Très jeune, Jean-Claude Vanden Eynden devint élève au Conservatoire royal de Bruxelles où son professeur est Eduardo Del Pueyo. En 1964, à seize ans il remporte le troisième prix du prestigieux Concours Reine Elisabeth.

Jean-Claude Vanden Eynden a été le soliste de nombreux orchestres: l'Orchestre Symphonique de Saint-Pétersbourg, le Royal Philharmonic Orchestra, l’Orchestre national de Belgique, l’Orchestre Franz Liszt de Budapest et bien d’autres. Jean-Claude Vanden Eynden, dont le répertoire musical est très vaste, est également hautement apprécié dans le domaine de la musique de chambre avec des partenaires tels que José Van Dam, Augustin Dumay, Miriam Fried, Silvia Marcovici, Gérard Caussé, Michaela Martin, Walter Boeykens, Frans Helmerson, le quatuor Ysaye, le quatuor Melos, le quatuor Enesco.

Jean-Claude Vanden Eynden fait régulièrement partie du jury du Concours Reine Elisabeth de même que de ceux d'autres grands concours internationaux. 

Jean-claude Vanden Eynden prodigue son enseignement au Conservatoire royal de Bruxelles ainsi qu’à la Chapelle musicale Reine Élisabeth. Quelques-uns de ses anciens élèves ont acquis une enviable notoriété.
Jean-Claude Vanden Eynden est également directeur artistique du Centre européen de maîtrise pianistique Eduardo Del Pueyo.